Los modelos nuevos están en Configuración -> Modelos de impresión ya que poseen el código QR por defecto. Debemos guardarlo y asociarlo al comprobante que deseemos. También podemos copiar el QR desde ese Modelo.
Para hacerlo desde cero podemos ir al modelo de impresión del comprobante, darle a Editar Modelo, en el mismo le agregamos una imagen, de nombre le ponemos pctQR y de SizeMode Zoom

Le damos a Guardar y listo